За изпълнението на дейностите по функциониране на НАТУРА 2000 в Оперативната програма „Околна среда 2007-2013 година" са предвидени 212 557 500 лева, 85% от които (180 600 000 лева) ще постъпят от Кохезионния фонд на Европейския съюз, а 15% или 31 957 500 лева щe бъдат осигурени през разглеждания период чрез национално публично финансиране oт републиканския бюджет.
С установяване на мрежата от защитени зони в България и издаване заповеди за тяхното обявяване, съдържащи конкретни ограничения за земеделски и горски дейности, ще бъдат определени средствата, с които ползвателите на земеделски земи и горски стопани ще бъдат компенсирани.
Тези средства са част от средcтвата по програма „Опазване на околната среда и селската природа" от Програмата за развитие на селските райони за периода 2007 - 2013 г." и от Оперативната програма „Рибарство и аквакултури 2007 - 2013 г.".
Включването на територии в НАТУРА 2000 не променя собствеността върху земи, гори и водни площи. Няма и изрични забрани за строителство или други видове дейности в тях. На проектите ще бъде правена специфична оценка на въздействието, което биха оказали върху опазвания в защитената зона вид.
Списъкът със защитените зони за птиците ще бъде обнародван в "Държавен вестник" и след това ще започне обявяването на всяка зона поотделно със заповед на министъра на околната среда и водите. Всеки проект на заповед ще бъде представян на обществеността чрез широко огласяване.