Държавен прокурор обвинява компанията, че между 1997 и 2004 са заплатени общо 1.7 милиона долара на десните Обединени групи за самозащита на Колумбия (AUC) за опазване на банановите им плантации в Ураба и Санта Мария в Колумбия. Пред съда са представени доказателства. Плащанията са осъществявани със знанието на високопоставени мениджъри и са замаскирани в балансовите отчети.
САЩ включват AUC в списъка на терористичните групи през 2001. По това време ръководителите на Chiquita вече година са плащали на AUC. През 2003 фирмен адвокат е казал на мениджърите, че подобни плащания са нелегални. Два месеца по-късно представители на компанията са докладвали на правосъдното министерство на САЩ за практиката. Въпреки това едва месеци по-късно сумите, отиващи за въоръжените групи, са спрели. Според обвинението, концернът със седалище в Охайо преди това е плащал и на левите въстанически групи FARC и ELN.
Военната групировка AUC е най-голямата въоръжена въстаническа организация в Колумбия. В проточилия се четири десетилетия конфликт между левите, десните и военните досега са загинали близо 200,000 души.