Според новия устройствен правилник агенцията ще поеме освен досега съществуващите и всички функции на „Пристанищна". Така под контрола й попадат и портовете. Новост е, че изпълнителният директор ще има още двама заместници, които ще назначава сам. Агенцията ще се издържа от бюджетни средства и собствени приходи. Сред възможностите за печалба на агенцията стават и приходите от таксите, които собственици на пристанища с регионално значение заплащаха досега на „Пристанищна".
Както и досега МА ще събира приходи от предоставяне за ползване на рейдови лодки, провлачване или тласкане на кораби и други плаващи обекти, възнаграждения за спасяване на имущество на море и река и други. Целта на сливането бе да се оптимизира дейността.